盛京医院内镜诊治中心于2002年5月被辽宁省卫生厅批准成为辽宁省内镜诊治中心，是一家国际知名的、具备先进诊疗技术的大型现代化内镜中心。现为卫计委四级内镜手术培训基地、中华医学会消化内镜分会常委单位。SCI全文收录的世界权威内镜超声杂志《Endoscopic ultrasound》的编辑部也设于科内。

内镜中心除开展各种常规检查外，还开展了无痛内镜检查术，超声内镜检查和治疗，胶囊内镜检查，双气囊小肠镜检查，内镜下胃造口术，胃镜下止血和异物取出术，十二指肠镜乳头括约肌切开治疗胆总管结石，胆道镜取石，消化道狭窄的内支架治疗，胃和肠息肉摘除术、消化道黏膜下肿瘤的套扎治疗、“隧道”式黏膜下肿瘤切除术，胰腺假性囊肿内造瘘术，消化道早期癌的EMR、ESD治疗，贲门失弛缓症气囊扩张治疗、POEM治疗等。