包头医学院第二附属医院消化内科始建于20世纪80年代，经过近40年的发展，已成为自治区首创的消化内外整合学科，集临床、科研、教学于一体。该科室被评为自治区消化内科领先学科、自治区消化内科质控中心、自治区消化病研究所。  病房设有200张床位，内镜中心总面积超过3000平方米，设有12间操作间。门诊设立了胃食管反流病、便秘、肝病、胆胰、消化道早癌筛查、炎症性肠病（IBD）等多个专病专科门诊。  科室长期开展无痛胃肠镜检查、ERCP（经内镜逆行性胰胆管造影术）、ESD（内镜黏膜下剥离术）、POEM（经口内镜下食管括约肌切开术）、EUS-FNA（超声内镜引导下穿刺术）等多项消化内镜下诊疗技术，以及腹腔镜下胆囊切除术、胃底折叠术、胃肠癌根治术等外科微创手术，其中多项技术在自治区乃至国内处于领先水平。  此外，科室还设有四大综合诊疗中心：消化微创中心、胃食管反流多学科诊疗中心、胰腺疾病诊疗中心和IBD诊疗中心，进一步提升了对复杂消化系统疾病的诊治能力。